As atividades do PPGEQ são desenvolvidas em regime acadêmico semestral, tendo dois processos seletivos para ingresso no programa em março e em agosto, com disciplinas obrigatórias e eletivas de 4 (quatro) créditos equivalentes a 60 horas-aula. A duração mínima para o aluno concluir o Curso de Doutorado em Engenharia Química no PPGEQ/UFU é de dois anos e a máxima quatro anos. O candidato ao grau de doutor deverá obter 22 (vinte e dois) créditos, sendo 12 (doze) créditos em disciplinas obrigatórias, 2 (dois) na disciplina Seminário de Doutorado e 8 (oito) créditos  em disciplinas eletivas, bem como a elaboração de uma Tese de Doutorado. Para os alunos bolsistas da CAPES as disciplina Estágio de Docência na Graduação I e Estágio de Docência na Graduação II também são obrigatórias.